于秀源博士1942年2月生于山东章丘。1964年毕业于山东大学数学系，同年考取杭州大学数学系研究生，师从我国数学界前辈陈建功先生。1967年起，先后在杭州市人民中学，杭州市第四中学任教。1978年，考取山东大学数学系研究生，在著名数论专家潘承洞院士的指导下攻读解析数论。1980年，因成绩优异，提前毕业，任教于山东大学数学系。1981年，去英国剑桥大学，在国际著名超越数论权威A Baker教授的指导下进行超越数论的研究。1983年5月，获山东大学理学博士学位。1984年起，历任山东大学数学系副主任、副教授、山东省青年联合会副主席、山东省数学会常务理事等职。1987年起任教授，在杭州师范学院工作，曾任杭州师范学院数学系主任、副院长、副院级巡视员；2002年起，任衢州职业技术学院院长；曾任中国优选法统筹法与经济数学研究会理事、浙江省应用数学研究会副理事长、杭州市数学会理事长等职。1990年与1995年，两次应邀赴美国南伊利诺大学、内华达州立大学（拉斯维加斯）、加利福尼亚州立大学等学校访问、讲学。1986年起担任 Mathematical Reviews杂志评论员，是第五、六、七、八届全国密码学会议程序委员会委员，2002年国际数学家大会数学教育分会程序委员会委员，1997年与2000年两届国际数学教育学术研讨会（杭州）学术委员会主席。
　　1981年1月，《中华人民共和国学位条例》开始实行，学位分学士、硕士、博士三级。1981年11月26日，国务院批准了首批博士和硕士的学位授予单位和学科、专业的名单。
　　1983年5月27日，首批18名博士从几千名学子中脱颖而出，登上人民大会堂主席台领取博士学位证书，当时的国家领导人接见了与会的博士。他们是：于秀源、马中琪、王建磐、白志东、冯玉琳、苏淳、李尚志、李绍宽、张荫南、范洪义、单墫、赵林城、洪家兴、徐文耀、徐功巧、黄朝商、童裕孙、谢慧民。这18名博士的诞生树起了新中国教育发展的一块里程碑，中国人可以依靠自己的力量培养博士了。
　　我国首次建立了博士生制度，从根本上改变了一百多年来我国培养博士主要靠外国——解放前主要靠英美等西方国家，解放后主要靠苏联——的不合理局面，实现了博士生培养基本立足国内这一重大战略目标。
　　于秀源是1978年报考山东大学研究生的，那时他经过20多个小时的旅途颠簸，从杭州到达济南黄台车站已是凌晨2点多，他在灯光昏暗、苍蝇飞来飞去的候车室里踱步，想起距离他从山东大学数学系毕业已过14载，此去经年，岁月蹉跎，命运波折，感慨不尽。当时已36岁的他，是杭州四中校办工厂的工人。
　　全国首批博士和硕士授予权单位于秀源所在的厂子不太想放他走，但幸好当时中央对工作人员报考研究生的政策很宽松，虽然费了不少周折，厂里最终还是让他报名了。既要工作，又要准备考试，于秀源经历了今天的年轻人难以想象的艰辛。当时他最大的孩子不过两岁，小的才半岁。直到现在，当时的邻居还记得，他在工作之余，坐个小板凳，旁边放着竹板子的童车。他的脚来回蹬着童车，“催眠”躺在里面的小儿子，一只手捧着书，另一只手在一个小方凳上演算题目。就是在这种艰苦的条件下，于秀源考上了山东大学数学系的研究生，师从潘承洞教授。
　　于秀源因为成绩优秀，早在1980年研究生就提前毕业了。著名数学家王元在其毕业论文后写有“此人论文水平达到博士研究生水平”的批语。山东大学据此向教育部请示，希望于秀源能作为首批博士参加学位授予大会。于秀源记得，他曾被学校研究生处处长带到北京，处长告诉他，为了证明他的实力，学校建议有关部门专家随机检验他的水平。最后，考试并没有进行，但学校的坚持起了作用。他最终获得了新中国首批博士学位。
　　于秀源教授主要从事解析数论、超越数论和密码学的研究，1994年以来，也从事数学教育的研究。已在《中国科学》等国内外重要学术期刊上发表论文120余篇，出版专著及教材8部。已五次主持国家自然科学基金会资助的研究项目，五次主持浙江省自然科学基金会资助的研究项目，并多次主持教育部、浙江省教育厅科研和教改项目，取得了很好的成果。
　　于秀源博士一直在教学第一线工作，培养了一批优秀的数学和密码学人才，许多已成为博士生导师，学术带头人，其中有享誉国内外的密码学专家王小云等。
　　1990年，于秀源获“浙江省优秀教师”荣誉称号。1991年，获国家教委、国务院学位办公室授予的“作出突出贡献的中国博士学位获得者”荣誉称号。1993年获“国家高师院校教师奖”（曾宪梓奖）二等奖。四次获浙江省教育厅科技进步奖；二次获浙江省优秀教学成果奖，以及其他奖项。2002年，获中共中央办公厅“党政密码科技进步奖”一等奖。1992年起享受政府特殊津贴。