建设具有卓越创新力的大学，重要的是要建立一套为创新力的发展提供制度保障的大学管理体制和运行机制，从而促进大学各活动主体开展创造性的活动，推动大学整体创新力的发展。德国大学创新力发展的内部制度保障主要体现在教师的人事聘用制度、学术基层组织结构的改革与创新等方面。

　　以教授为核心的科研队伍是德国大学创新力的重要依托。德国大学教授职位的门槛极高，职称晋升是一个漫长而又艰辛的过程，但这也有力地保障了高质量的师资队伍。博士学位是获得教授资格的最基本条件，在此基础之上，被认为有学术前途的毕业生受聘为学术助理等初级学术人员，在大学从事教学和科研的辅助工作；通过9年的工作深造，完成一篇教授资格论文，这篇论文的质量必须高于博士论文的水平，并完成至少3个专业方向相关的不同内容的专题报告，由答辩委员会的教授学者讨论评议。通过这些考核的人便获得了大学教授的任职资格（Habilita-tion），即W1位置的教授，是他们具备进行独立教学和研究能力的证明。取得W1位置教授资格的初级学术人员继续工作6年以后，可凭借个人科研成果和教学成绩申请W2的职位。在获得职位任命之前，他们作为“编外教师” （Privatedozenten），通常在W2和W3职位教授领导下的研究所内从事教学和科研工作。他们采用的是任期制，没有固定薪水，通过授课获得课时费。“编外教师”制度是考验教师学术能力和学术信念的重要方式，是德国大学所独有的，甚至被认为是德国大学发展的动力所在。
　　德国大学一般不留本校毕业生，且通常从校外招聘教授。无论是W1晋升到W2或者W2到 W3，原则上申请者只能向现任教大学之外的、有空缺职位的大学提出申请，申请者需要与来自全国甚至世界各地的申请者竞争。初级学术人员不得在现任教大学晋升的规定，强制性地在德国大学之间形成了较高的教师流动性，有利于提高德国大学整体师资水平，促进大学之间师资力量的均衡发展。
　　严格的遴选程序和高标准的要求是师资高质量的保障。德国大学教授等级制度森严，评聘程序严格，但是仍具有一定的灵活性。如处于W1职位的教师在工作6年后，如果科研教学成果显著，亦可直接申请W3的教授职位；德国有些州提倡实施准教授制度（JuniorProfessorInnent），即年轻博士后，在科研教学上成果显著、贡献卓越者，也可以按成果大小直接申请进入W2或W3职位。这种制度性的保障不仅给了年轻学者创造的动力，也激发了他们创新的潜力。

　　学术自由是师生开展创新性科学探究活动的重要前提之一。弥漫于大学内部的宽松、民主、自由、追求卓越的学术氛围历来被认为是德国大学的一大特色。自1849年法兰克福宪法第152条规定“学术及其教学是自由的”起，学术自由一直受到德国法律的保障，尤其是高校教师自由地从事科研和教学活动的权利，以及大学生自由学习的权利。
　　德国大学的基层学术组织建制给予了教授较高程度的自由和学术权力，是推动德国大学实现教学和研究创新发展的关键。研究所是德国大学的最基层学术组织，是德国大学科研职能得以行使，创造性的研究得以产生的关键。德国大学的教授是终身制，他们是研究所的负责人，也是讲座持有者，在研究所中享有极大的学术权力，在研究所课程设置、考试安排、教师聘用和科学研究工作等方面有着绝对的控制力，并有权参与大学行政事务的管理。
　　Seminar最早见于格斯纳于1737年在哥廷根大学创办的哲学Seminar。1820年后，尤其是1850年后，大学的研究所和Seminar明显增多。19世纪后半期，研究所和Seminar得到了政府的正式承认和资助，获得了长足的发展，由官方设立的永久性的研究所和Seminar成为主流。这种新的教学方式大大地催生了德国大学在科研和教学上的创新力。获得政府资助的研究所和Seminar通常有专门的指导者，拥有专门的场所和经费，政府给予的某些专项资助由研究所和Seminar自行安排，大学无权插手。研究所所长与大学其他官员如院长或校长不同，不是根据资历或在大学中的地位，而是根据专长选拔出来的。而且研究所或Seminar与政府有密切的关系，教育行政部门直接授予他们某些特权、资源、设备以及人员，并以法律的形式予以保护。研究所和Seminar这类主要的研究机构在德国大学内处于半独立的状态，这种半自治的运行模式不仅有效地保护了教授和学生的学术自由，也为大学创新力的孕育与生长提供了最适宜的环境。
　　Seminar基本意思是研讨班、研讨会，是德国大学重要的教学和研究制度，后被世界许多国家和地区的大学所引用。它是指在教授的指导下，由高年级学生和优秀学生组成研究小组，定期集中在一起，共同探讨新的知识领域，研究高深的科研课题。