《两汉全书》是1996年在全国高等院校古籍整理研究工作委员会立项的一个大型古籍整理项目，得到“古委会”的重点支持和直接资助。先后被列入教育部人文社会科学研究“九五”、“十五”、“十一五”规划。1999年正式出版第一、二两册，获得学界的好评，随后整理工作全面铺开。2003年被全国古籍整理出版规划领导小组列为“古籍整理出版重大工程”，予以专题介绍。2009年12月，全书整理完毕，山东大学出版社一次性推出，凡36册，1300万言。
　　汉代是中国传统社会政治、经济、文化、思想、学术等各方面的体制或模式全面确立和奠定基础的重要时期，也是中华民族的文化心理结构基本形成的重要时期。汉代所有的创立和建设，不仅为中国此后的社会发展导夫先路，而且迄今为止仍在全球范围内产生着巨大影响。
　　一个时代的文化内涵，主要体现在这一时代产生的文献中，并通过文献的流传而得到继承和延续，所以对一个朝代全方位的认识和总结，最终要落实在对这一朝代文献的保存和整理上。流传至今浩如烟海的古代文献，是中华民族传统文化的主要载体，是研究中国封建社会政治、经济、文化的宝贵资料。由于我国历代封建王朝的统治理念、政策制度等各有不同，所以，不同朝代的文献亦具有各自的基本特征。全面收集、整理某一朝代的现存文献，编纂某一朝代的大型断代文献集成，对于全面认识这一朝代，进而对其展开各个学科的专门研究，具有特别重要的学术意义。
　　由于年代久远，保存不易，汉代文献在流传中已有大量散亡，现存的典籍也往往不同程度地存在窜乱和讹误，至于许多断章残篇就更缺乏必要的调查和整辑。为适应学术研究和文化发展的需要，《两汉全书》在前人成就的基础上，汇收和系统整理所有现存两汉文献，为这个阶段全部文献资料（包括部分整理成果）作出了一次系统的巡视和总结，全面反映了两汉学术文化的丰富多彩和博大精深，意义重大，影响深远，不仅是编纂汉代大型断代文献集成的首创之举，亦是编纂我国大型断代文献集成的一次成功尝试。
　　《两汉全书》规模宏大，资料丰富，突出“力求其全”的原则，凡属高祖元年（前206年）至献帝延康元年（220年）之间的所有文献，举如各种专著、别集，单篇诗、文、赋，以及经籍传注、小学著作、石刻简牍等，包括佚文残篇，悉予汇录，统一编排。收录人物达870余人，是迄今为止海内外第一部两汉现存文献的总汇。
　　《两汉全书》重视文献资料的审查与编排体例的创新。全编原则上采取了“以人系文（包括著作）”的办法，首先把普查到的近九百位两汉人物，一律按历史年代逐次排列先后顺序，人物年代不详以及无名氏著作，则排列其后而别作处理。其次以人物为单元排比文献资料，即在每一人物名下，首列其专著，次列其别集以及单篇作品，再列其他文献资料。这样的总体框架，从纵向看，能够如实反映两汉学术发展的整体脉络，并可显示各具体阶段的若干特点；从横向看，则每个人物的全部著作可以尽在眼前。因此，《两汉全书》既是断代专著的集成，又是一系列新编别集的总汇，带有一代总集的性质；既方便于查用汉代现存文献的实际状况，亦为编纂我国大型断代文献集成提供了新的范式。
　　《两汉全书》重视底本的选择与利用。专著类，注意选用年代较早的刻本（包括影印本），或清人的精校精刻本。别集类，注意选用虽非稀见但文献价值相对较高的版本。辑佚类，首选整辑文献比较完善、或于诸家中较为特出的本子；若辑本虽多而俱不尽如人意，则翻检群书另作新辑。
　　《两汉全书》体例完整，编纂谨严。《两汉全书》一概为收录的人物撰写小传，为收录的著作撰写提要。前者略述人物可考生平、论著等，后者说明著作的年代、流传与版本等，有重要的学术参考价值。《两汉全书》注重材料的考辨，传世伪书的处理尤取慎重的态度。所有文献一律加以新式标点，并作必要的校勘，方便阅读和征引。古籍整理是一项颇费学术功力，讲究谨严认真的艰苦工作。整理现存两汉文献，则更有其特有的难度，有的著作历代流传版本繁多，歧说并存，有的著作学者关注较少，文字多有衍夺误倒，所以，《两汉全书》在选定底本、辑补佚文、校勘文字、标点断句、撰写小传与解题等方面倾注了大量精力。例如，陆贾《新语》是西汉初年的一部重要著作，《汉书•艺文志》、《隋书•经籍志》均有著录。整理者以《四部丛刊》影印明弘治间桐乡令李廷梧刻本为底本，校以《子汇》本及程荣《汉魏丛书》本、《两京遗编》本，参考唐晏《新语注释》、今人王利器《新语校注》，采择杂纂、类书所引及古选本文字，整理入编，于不足一万二千字的原文中，列出有关删、补、改的校语一百一十六条，且对所附七段《新语》佚文加以按语说明，行文简要，兼采众长，堪称目前最佳的陆贾《新语》文本。
　　《两汉全书》收录有两汉谶纬文献、两汉石刻文献，附编有两汉简帛文献，其编纂者既有统观汉代谶纬、石刻、简帛文献的学术视野，又具有上述专门之学的深厚素养，其成果别有一番新的气象。
　　《两汉全书》对两汉谶纬文献予以重新整理，所做主要工作有：确定主据本和参考本、缀合与剔重、核校原始出处、补充佚文、点校注译等。《两汉全书》对今天还存有佚文的160余种谶纬佚书进行整理时，调查到谶纬辑本46种（每种含数种至数十种谶纬佚书），这46种辑本有125种版本（含抄本）。而当前流行的上海古籍出版社1994年版《纬书集成》，仅收古代谶纬辑本14种（计版本16种）；安居香山等人的《纬书集成》号称“辑录完备”，也只收古代谶纬辑本26种，且脱误不少。《两汉全书》依据“佚文数量”、“出处版本”、“佚文次序”三项原则，对前人125种谶纬辑本版本进行比较，一一确定了160余种谶纬佚书的主据本，而把其他版本（含上海古籍出版社《纬书集成》和安居香山等《纬书集成》）作为参考本。整理者将主据本佚文和参考本佚文编在一起，剔去重复，并作重新缀合。在对谶纬辑本补充辑佚时，从《文选注》、“前四史注”、《水经注》、“十三经注疏”等著作中，以及唐宋诗文著述（如唐人张说《为留守奏庆山醴泉表》、杨炯《浑天赋》）中，补充了诸多谶纬文句。《两汉全书》对谶纬的新辑补，有助于深入研究经学史，有助于深入研究上古文化史。
　　中国古代的石刻文献（既包括文字也包括画像）数量庞大，内容丰富，与传世纸本文献、出土简帛文献共同构成了古典文献中的三大主干。因此，《两汉石刻文献》在《两汉全书》中所占比例虽说不大，但因其属性特殊，故而与传世文献、简帛文献具有同等重要的文献价值。《两汉石刻文献》在充分借鉴前人成果的基础上，又作了进一步的增补与加工。为了更加全面地反映汉代石刻文献的整体面貌，不仅将有现存拓本的汉代石刻全部收入，同时也将《隶释》、《隶续》以及严可均《全上古三代秦汉三国六朝文•全后汉文》等书中所收载的汉碑文字予以迻录，这两大宗文献中有不少内容已不见于现存拓本。这样一来，《两汉全书》中所收录的两汉石刻文献的总数就多达505种，与当前同类性质的著作相比，数量是最多的。除了传世录文外，均用现存拓本逐字核校，力求将录文中的讹误减至最少。校勘工作一以拓本为准，所据拓本主要是《汉碑全集》与《北京图书馆藏中国历代石刻拓本汇编》（战国秦汉部分）两书中所影印的拓片以及日本京都大学所藏汉代石刻拓片。对于漫漶不清的拓本文字，各家有不同的释读，整理者根据自己的理解酌选一家，别家有参考价值的释读异文则酌予选录，写入校勘记。若所据释文有误释之处，则据拓本予以订正，并在校勘记中说明。每种文献一般以常见的传统称谓作题名，个别情况下，为了更好地揭示其内容，做了适当的变更。题名之下，大都纂录题记，对碑刻的别称、发现时地、额题、行款、字数、碑阴、基本内容及现存情况予以简要说明，主要甄录现有的研究成果并标明出处，必要的时候则重新撰写题记。通过这次整理汇编，为学界提供一份全面而可靠的“汉代石刻文献”的最新文本。
　　《两汉简帛文献》考虑到版权问题，未将两汉墓葬、遗址中出土的文献释文全文载录，但就其汇总的汉代简帛出土、整理、研究的资料、信息来看，已经十分全备和充实。首先，就其载入的出土文献信息范围来说，已经最大限度地做到了事无巨细，全部述及。该书的编排体例是以出土文献介绍条目形式，逐年逐条编排，上自1906年新疆古尼雅遗址斯坦因第二次中亚考察所获西汉木简，下至2009年北京大学收藏的西汉竹简，其间对每一年每一次汉代简帛的出土都列出条目，给以介绍。其次，具体到对每一次简帛出土信息的介绍，也力求全面详尽，包括文献的发掘、出土、整理情况、文献的基本内容、文献图板及释文的载录、出处、学者对文献的考订、研究以及该条目撰写的参考文献等等，都一一述及，提供了有关该文献的最大信息，极大地方便了读者对两汉出土文献的查阅和了解。总之，汉代简帛信息的汇总和载录及其事无巨细之“全”，是对《两汉全书》之“全”的最好体现，而这正是这部巨著其中一个重要价值之所在。
　　《两汉全书》既集一代文献之大成，又具有高品位、高质量，兼有学术与收藏的双重价值。其规模之宏大，资料收集之全备，体例之完美，标点校勘之精良，都是对此前学术水平的一次引人注目的重要超越。不仅有力推动两汉历史的断代研究，而且有助于中国传统文化特色的全面总结，是一项全民族文化建设的基础性工程，也是当今古籍整理水平和成就的重要标志之一。