清朝末年，随着西方列强的不断入侵，中国民族危机和社会危机空前加剧。在变法维新思想的推动下，“废科举，兴学校”的潮流不可遏止。改革封建传统教育，逐步推动中国教育近代化，已经成为中国近代教育发展的趋势。光绪二十七年八月初二日（1901年9月14日），光绪皇帝正式下令全国各地书院分别改为大中小学堂，上谕云：“人才为庶政之本，作育人才，端在修明学术……除京师已设大学堂，应行切实整顿外，著将各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府及直隶州均改设中学堂，各州县均设小学堂，并多设蒙养学堂。……”于是，各地纷纷遵旨办理，很快在全国范围内掀起了一个书院改学堂的热潮，山东大学堂就是在这种背景下创办的。
　　光绪皇帝有关书院改学堂的上谕发布时，山东巡抚袁世凯正在家里休假，看到皇帝的谕旨后，立即组织人员起草了《山东试办大学堂暂行章程折稿》，于光绪二十七年九月二十四日上奏光绪皇帝，认为“国势之强弱，视乎人才，人才之盛衰，原于学校。诚以人才者立国之本，而学校者又人才所从出之途也。以今日世变之殷，时艰之亟，将欲得人以佐治，必须兴学以培才，顾学校不难于大兴，而规划实难于妥拟。……迨臣假期将次届满，适逢八月初二日谕旨。销假之后，当即钦遵饬各属一律举办，并筹资择地，先于省城改设大学堂，以为之昌，拟定试办章程四项：首议办法，次立条规，次订课程，次筹经费。请为我皇太后、皇上约略陈之。”奏请先在省城设立大学堂，分斋督课，其中专斋相当于大学，正斋相当于中学，备斋相当于小学。光绪皇帝于十月初六日朱批：“知道了。政务处及各该衙门知道。单并发。”奏陈得到清廷的照准，于是山东首先办起了一个官立山东大学堂，十月正式开学。这是继京师大学堂之后，在各省最早兴办的官立大学堂。
　　官立山东大学堂开始设在省城的济南泺源书院内，第一批招收新生300多名。第一任校长为袁世凯的智囊唐绍仪（当时称“管理总办”）（另一说为北国工业巨子周学熙）。延聘登州文会馆馆主、美国耶稣教长老会传教士赫士为总教习（相当于今日之教务长）。分专斋、正斋、备斋，分斋督课。聘请中西教习50余人，后增至110多人。
　　《山东试办大学堂暂行章程折稿》（以下简称山东大学堂章程）共分四部分：学堂办法、学堂条规、学堂课程、学堂经费，共计96节，对大学堂的各项管理制度和如何创办省城大学堂作了十分详尽的规定。
　　学堂办法规定：考各国学制，必先有小学而后升入中学，由中学而后升入大学，此通例也。大学堂内区分三等，一备斋，习浅近各学，略如各州县之小学堂；二正斋，习普通学，略如各府厅直隶州之中学堂；三专斋，习专门学。三斋之外，另设蒙养学堂，自7岁起至14岁止，8年内专令讲读经史，并授以简易天文、地舆、算术，毕业后选入备斋，再令讲求浅近政治，加习各科初级艺学，俟入正斋，又加深焉。现当创办伊始，所有中学、小学以及蒙学，均尚在议而未设之列，只可先用经义、史论考选学生，挑入备斋肄业，暂以三百人为定额。设总办、监督、教习各员。各种图书、仪器，先择应用者酌量购置，以供肄业。
　　学堂条规规定：课士之道，礼法为先，而宗圣尊王尤为要义。堂内应恭祀至圣先师孔子暨本省诸先贤先儒，每月朔望由教习率领诸生行礼，并宣讲圣谕广训，以束身心。若恭逢万寿圣节暨圣先师孔子诞日，均须齐班行礼，以志虔恭。
　　学堂课程规定：备斋以两年为毕业之限，温习中国经史掌故，并授以外国语言文字、史志、地舆、算术等各种浅近之学。正斋以四年为毕业之限，授普通学，分政、艺两门。政学分为中国经学、中外史学、中外治法学三科，艺学分为算学、天文学、地质学、测量学、格物学、化学、生物学、译学八科。专斋则以两年至四年为毕业之限，共开设中国经学、中外史学、中外政治学、方言学、商学、工学、矿学、农学、测绘学、医学十门课程。
　　学堂经费规定：就现在办法而论，学堂常年额支之款暂需六万两，其一切活支数目尚难预计，日后渐次推广，经费亦须随时加增。
　　《山东大学堂章程》在当时发生了重大的实际影响，成为各省书院改学堂所效法的榜样。光绪皇帝八月初二日（1901年9月14日）的上谕，只是下达了一道命令，要求各地将书院改为学堂，至于应该怎样改，改了以后又应该如何办理，并没有可以操作的具体方法。而《山东大学堂章程》恰恰在这种情况之下，提供了一个应该如何改和怎样办理学堂的具体而又可以操作的模式，在当时中国书院改学堂的大潮中开风气之先，使书院改学堂运动有了切实可行的办法和依据。
　　光绪二十七年十月十五日上谕：“前经谕令各直省设立学堂。责成该督抚学政切实统筹举办，惟通省学堂。同时并举财力或有不逮，若必待各府厅州县中小学堂筹定，始行开办。转至观望迟延，查袁世凯所奏山东学堂事宜及试办章程，拟先于省城建立学堂一区，分斋督课，先从备斋正斋入手，俾初学易于造就，渐有师资，再行次第推广，其教规课程，参酌中西，而淳淳于明伦理，循礼法尤得成。德达材本末兼赅之道，著政务处即将该署督原奏并单开章程通行各省，立即仿照举办，毋许宕延，其如何……”随即学部大臣张百熙将山东大学堂办学章程转饬各省，要求各省参照办理。
　　此后，各省乃遵旨将省城书院改为大学堂，或新设大学堂，其中有：浙江巡抚任道镕以求是书院改为大学堂（1901）；江苏学政吏部左侍郎李殿林奏准，将南菁书院改为江苏全省南菁高等学堂（1901）；江苏巡抚聂缉椝奏准将苏州中西学堂改为苏州省城大学堂（1902）；河南巡抚锡良奏设河南大学堂（1902）；山西巡抚岑春煊奏准在太原开办山西大学堂（1902）；贵州巡抚邓华熙奏设贵州大学堂（1902）；江西巡抚李兴锐奏请将省城豫章书院改为江西省大学堂；陕西巡抚升允、藩司樊增祥创办关中大学堂（1902）；闽浙总督许应骙奏设全闽大学堂（1902）；湖南巡抚俞廉三奏准改求实书院（原时务学堂）为湖南大学堂（1902）；四川总督奎俊将锦江书院、尊经书院以及四川中西学堂合并改建为四川通省大学堂（1902）；广西巡抚丁振铎将体用学堂改为广西大学堂（1902），等等。他们在奏折中均直言无讳，称学堂“课程、等级、班次，不外山东章程”，或者是“仿照山东章程，就本省情形、现有财力”，变通办理。因此，在一定意义上，《山东大学堂章程》在中国近代大学堂发端和实际办理的过程中，已经超越了一所大学（山东大学堂）办学章程的作用，而是在全国大学堂的办理过程中发挥了具有普遍意义的重要指导作用。
　　山东大学堂同私塾和科举制度比较起来，已经有了质的区别。首先，它已经具备了近代正规高等学校的体制和规模，学堂有校长等管理人员80人，各类教师110多人，还有美、英、德、日籍教师8人。其次，当时虽然还不像现在这样划分专业，但也分了本科和预科，学制定为三年，并有严格的考试制度，不及格的不能毕业。第三，除了经学外，开设了二十多门课程，包括社会科学、自然科学和外国语。这些课程有：文学、历史、地理、法制、理财、兵学、格致、心理学、算学、物理、化学、博物、地质矿物、英文、德文、法文、日文、图画、音乐、体操，等等。上述课程虽然大多数是基础课，但在清末比起科举时代的八股文，已经是较为进步的了。
　　山东大学堂是山东省内第一所官办的高等学府，也是近代山东高等学校教育的开端。它不但培养了一批人才，提高了山东的科学文化水平，而且也提供了办学经验，促进了山东教育的发展。山东大学堂建校的14年中，共培养了770多名具有现代科学知识的人才，其中到欧美留学的11人，到日本留学的48人。特别是在辛亥革命中，由山东大学堂选送去日本留学的徐镜心、张柏言等人在推翻封建王朝的民主革命中做出了突出贡献。
　　山东大学堂的创办在当时的中国引起强烈反响，特别是被光绪皇帝通饬各省要求参照办理的《山东大学堂章程》。作为中国第一部大学章程，它不仅为山东大学一百多年的按章办学奠定了传统基础，而且为当时正在兴起的中国现代大学教育树立了生动的范标，催生了全国各地大学堂的诞生，为中国大学教育的兴起和发展做出了原创性的独特贡献。因此，山东大学是中国近代高等教育的起源性大学，是中国最早按章程办学的大学，由光绪皇帝御批的《山东大学堂章程》是中国最早的大学章程。