2010年，朱清时校长在给学生和家长的一封公开信中说：“参照香港科大建校的模式，一步到位建成一所高水平的研究型大学。”
　　2011年，援助南科大的三名港科大的教授“出走”，朱清时校长也调整了南科大的定位，他说：“要把南科大办成加州理工大学一样的创新研究型高校。” 而最近，朱校长提到：“如果说远景的期望，我希望南科大要像斯坦福大学那样，不仅是高新技术的研究者，还要成为深圳市、广东省乃至中国经济发展的火车头。 ”
　　作为一所新创立的大学，在建校之处摸索学校的办学定位，这没有什么问题，然而，对于南科大来说，不管是最初想“模仿”港科大，还是后来想成为“加州理工”和“斯坦福”，如果没有建立起现代大学制度，想都不要想。对于国外大学，我国大学需要借鉴，但“拿来”的不是学校的外在，而应是最基本的办学制度。
　　早在2007年，深圳就提出将主要借鉴香港科技大学成功的办学经验，力争通过15年左右的努力，建设成为高水平研究型科技大学。这一提法，一直延续到2011年年初。深圳之所以选择港科大作为借鉴对象，一来地理距离近，二来港科大的快速崛起，符合国人对快速办出一所世界一流大学的期待。本来，如果深圳能全力借鉴港科大的现代大学制度，排除阻力在南科大“落地”，南科大后来的诸多“风波”，基本上都不会发生。首先，深圳可借鉴香港当初举办港科大制订大学章程的模式，制订南科大的章程，明晰政府、学校的权责界限；其次，按照大学章程，组建代表广泛的大学理事会，负责学校的重大战略决策，包括公开遴选校长、确定学校的发展定位等；再次，赋予学校充分的办学权力，推进学术自治和教授治校。
　　可是，这些都没有发生，所以南科大的“风波”就出现了。其实，深圳在南科大宣布筹建时，是有按照上述路径建立南科大的打算的，当地政府官员曾公开表态，要通过深圳人大立法制订南科大章程，可这到现在还没有成为现实。只是在去年年中，出台了南科大管理暂行办法。由于没有南科大章程，南科大校长的公开遴选，本质还是政府部门主导；南科大的首届理事会，所有理事全部由政府委任；于是，南科大根本没有办学自主权。由于南科大在现代大学制度方面的探索不力，所以，借鉴港科大注定无疾而终。
　　在这种情况下，南科大再提出借鉴其他国外大学的办学模式，就更像是“口号”了。而通过这些几乎一年一变的“口号”，公众甚至可以感受到朱清时校长的无奈。一方面，这些口号给人的感觉是，朱校长是说给深圳市政府听的，尤其是新近的提法 “不仅是高新技术的研究者，还要成为深圳市、广东省乃至中国经济发展的火车头”，从办学角度说，一个学校要办出特色，首先必须保持独立性，过多地考虑社会经济利益，很可能让大学陷入功利。近年来，斯坦福大学也开始反思，不少人认为学校不注重通识教育，商业味太浓。
　　另一方面，把大学办为“中国的某某大学”，一直以来是我国政府官员、学校领导经常挂在嘴边的目标，诸如东方的哈佛、中国MIT等等，在本世纪初，我国不少大学，都列出了建设世界一流大学的时间表，还有的大学完全按照国外大学的“外形”进行建设，比如，在大学旁边搞一个科技园，想打造中国的“硅谷”、“128公路”；在学校内部，也比照相关大学设置学科。但是，这只是与世界一流大学的形似，而不是神似。
　　只有建立现代大学制度，才可能让大学有自身明确的定位，形成独特的办学特色，这是世界一流大学发展的经验之谈。我国大学发展的难点，就在于建立现代大学制度，其中最为关键的环节是政府部门必须改变传统的管理学校的方式，把办学自主权真正交给大学。
　　可以说，在这方面，深圳以及我国其他各级政府部门，并没有做好准备。依照现代大学制度，公办学校将真正成为“公立学校”，政府负有投入的责任，可是却不能直接参与办学，不能直接任命校长，而必须通过大学理事会公开遴选；不得直接指挥学校设置什么学科、专业，这是属于学校教授委员会和学术委员会的权力。如果政府部门不做上述转变，我国大学的办学不会出现突破，建设世界一流大学，只可能是“口号”以及“舌尖功夫”。